腧穴，是針灸處方的主要內容之一。人體有361個經穴，另有眾多的經外奇穴。要想選好腧穴，首先應了解穴位的特性及其主治功能。只有依據經絡、腧穴理論，結合臨床具體實踐，才能合理地選取適當的腧穴，為正確擬定針灸處方打下基礎。針灸處方中腧穴的選擇，是以陰陽、臟腑、經絡和氣血等學說為依據的，其基本原則是「循經取穴」，這是根據「經脈所通，主治所及」的原理而來的。因此，在「循經取穴」的指導下，取穴原則可包括近部取穴、遠部取穴和隨證取穴。
近部取穴：近部取穴是指在病痛的局部和鄰近的選取腧穴，它是以腧穴近治作用為依據的。其應用非常廣泛，大凡其症狀在體表部位反映較為明顯和較為局限的病證，均可按近部取穴原則選取腧穴，予以治療。例如，眼病取睛明、球後、攢竹、風池等，鼻病取迎香、巨髎，面癱取頰車、地倉，胃痛取中脘等，皆屬於近部取穴。
遠部取穴：遠部取穴在距離病痛較遠的部位選取腧穴，它是以腧穴的遠治作用為依據的。這是針灸處方選穴的基本方法，體現了針灸辨證論治的思想。遠部取穴運用非常廣泛，臨床上多選擇肘膝以下的穴位進行治療，在具體應用時，既可取所病臟腑經脈的本經腧穴（本經取穴），也可取與病變臟腑經脈相表裡的經脈上的腧穴（表裡經取穴）或名稱相同的經脈上的腧穴（同名經取穴）進行治療。例如，咳嗽、咳血為肺系病證，可選取手太陰肺經的尺澤、魚際、太淵（本經取穴），也可選擇與足太陰脾經的太白（同名經取穴）；胃脘疼痛屬胃的病證，可選取足陽明胃經的足三里，同時可選足太陰脾經的公孫（表裡經），面部疾患選取合谷，目赤腫痛取行間，久痢脫肛取百會，急性腰扭傷取水溝等，均為遠部取穴的具體應用。
隨證取穴：隨證取穴，亦名對證取穴，或辨證取穴，是指針對某些全身症狀或疾病的病因病機而選取腧穴，這一取穴原則根據中醫理論和和腧穴主治功能而提出的。因在臨床上有許多病證，如，如發熱、失眠、多夢、自汗、盜汗、虛脫、抽風、昏迷等全身性疾病，往往難以辨位，不適合用上述取穴方法，此時就必須根據病證的性質，進行辨證分析，將病證歸屬於某一臟腑和經脈，再按照隨證取穴的原則選取適當的腧穴進行治療。如因心腎不交的失眠，辨證歸心、腎兩經，故取心、腎經神門、太溪等腧穴。
對於各別突出的症狀，也可以結合臨床經驗而選穴。如，發熱者可取大椎、曲池，痰多者取豐隆等，也可歸於隨證取穴的範疇。