耶拿戰役雙方部署：普魯士軍隊在五套方案中猶疑
戰鬥起始於拿破侖的主力遭遇到霍恩洛厄親王於耶拿附近的部隊。起初拿破侖只有48,000人，但是他小心和靈活的部署令法軍能夠建立一個絕對性的優勢。普軍很遲才發現情況，但仍沒有加快反應速度。在馮·布呂歇爾【又譯布魯克】將軍的15,000人由魏瑪趕來之前，霍恩洛厄親王的部隊已經開拔。然而這是一場激烈的戰鬥，拿破侖亦錯誤相信他正面對普軍的主力部隊。在北面更遠的奧爾斯塔特，達武和貝爾納多特同時收到指令趕往支援拿破侖。達武嘗試取道伊卡斯堡;貝爾納多特則取道當恩堡。但是達武往南的去路，被普軍主力55,000人阻擋，包括國王腓特烈·威廉三世、不倫瑞克公爵卡爾·威廉·斐迪南、陸軍元帥馮·莫倫多夫和馮·卡爾克洛伊特等人。接著是一場殘酷的戰鬥。雖然人數上處於二比一的劣勢，但是達武訓練有素、紀律嚴明的第三軍抵住了普軍多次進攻，並且轉守為攻，最後將普軍擊退。雖然貝爾納多特看到達武被普軍阻擋，但他卻沒有加以支援，令他後來被拿破侖斥責。
雙方軍隊都分成了幾個部分。普軍分成三隊：
不倫瑞克公爵所率領的55,000人
霍恩洛厄親王率領的38,000人
馮·呂歇爾將軍所率領的15,000人
拿破侖在耶拿的主力共96,000人：
蘇爾特的第四軍
拉納的第五軍
內伊的第六軍
奧熱羅的第七軍
繆拉的騎兵部隊
在北面遠處鄰近奧爾斯塔特的地區，亦有貝爾納多特的第一軍(20,000人)和達武的第三軍(27,000人)。
普軍計劃
1806年代普軍最大的弱點是其疲弱的指揮系統，一個指揮的職務由多名軍官負責。例如陸軍參謀長分別由三名不同的軍官擔任，包括佩芬將軍、陸軍上校沙恩霍斯特和陸軍上校魯道夫·馬森巴赫。這個混亂的系統導致簡單的指令都變得遲緩和複雜，令最終預備作戰的指令整整遲了一個月才實行。計劃最終將國內的普軍士兵編整成為三個軍團。普軍面臨的另一個障礙就是設計統一的作戰計劃。在軍官討論時，竟出現了五個主要計劃;但更糟糕的是，長時間謹慎的計劃亦令戰役的主導權轉到了法軍身上。因此，普軍的計劃對於法軍活動來說相對被動。
法軍計劃
雖然普軍比法軍早一個月開始動員士兵，但由於第三次反法同盟中的俄國仍拒絕接受和平條約，所以拿破侖亦有保持充足的作戰準備，所以亦能應付普軍。拿破侖構想出一個能迫使普軍與其一決勝負，就像奧斯特裡茨戰役一樣能夠預先瓦解普軍攻勢的方法。由於拿破侖的大陸軍有大部份駐紮在現今德國西南部的巴登-符騰堡地區，因此拿破侖決定向東北進攻薩克森和進佔柏林。