雞鴨鵝等家禽往往帶有沙門氏菌，其中以卵巢最為嚴重。因此，蛋殼表面和蛋黃及蛋白均有可能受到沙門氏菌的感染。其他細菌、黴菌等也可通過蛋殼的細孔進入蛋內，特別是當外界溫度驟變時更易發生。此外，蛋殼受到破損，可使蛋腐敗變質，食用後人體也將受到細菌感染而得病，引起食物中毒，而且生雞蛋也不易消化。
雞蛋的吃法有多種，如煮、炒、蒸、水泡、煎炸等。在嬰幼兒膳食中，水蒸蛋最易消化吸收。無論用那種烹調方法，均須燒熟煮透，才能避免受細菌感染的危險。有人認為吃生雞蛋最好，其中所含營養素不會受到破壞。其實用不著擔心，雞蛋內主要的營養素如蛋白質和鐵，不會因高熱而受到破壞。