如果前兩期的梅毒沒有徹底治療就會發展成晚期梅毒。多發生於患梅毒2～4年後，也有在10多年後發病的。約有1/3的患者會出現三期梅毒。此時患者已經沒有什麼傳染性了，但疾病對患者的損害卻是最嚴重的，可致殘、致死。三期梅毒可影響中樞神經、重要內臟器官（尤其是心臟），引起主動脈炎、心肌炎、腦膜炎、麻痺性癡呆等。這一期的特點有結節性梅毒疹和樹膠樣腫。結節性梅毒疹可遍佈全身，如豌豆樣大小，成群分佈，摸起來比較硬。(樹膠腫)是晚期梅毒的典型症狀，可發生在全身任何部位，樹膠腫逐漸擴大，中心壞死，形成潰瘍，流出黃褐色、象膠一樣的分泌物，長期不愈，最後形成大塊瘢痕。皮膚、口、鼻處的樹膠腫比較常見，鼻部的樹膠腫可使鼻中隔穿孔、鼻樑塌陷；嚴重者，可使鼻骨全部潰爛，鼻腔外露，稱為鞍鼻。