早期日本天皇處境尷尬：在宮斗與內戰中延續千年
在日本，人們稱在位的天皇為「今上天皇」，去世後再改稱他的年號。據記載，日本第一代天皇是神武天皇，只不過，同許多國家一樣，最早的首領都起源於神話傳說。
神武天皇，只在傳說裡
相傳開天闢地之初，日本列島還不存在，神仙們都住在「高天原」，即天上。一天，眾神俯瞰蒼茫大海，覺得美麗的海中既無海島，也無人煙，實在寂寞。於是，掌管萬物生滅的女神召來伊耶那岐、伊耶那美兄妹，命他們到下界治理海洋。女神還賜給伊耶那岐一桿長矛，用無瑕白玉精製而成，名為「天沼矛」。
兄妹倆來到通向下界的天梯旁，兄長伊耶那岐把「天沼矛」插入海中一攪，平靜的海面頓時波濤洶湧。接著，他將長矛抽出，從矛尖取下許多鹽，這些鹽落到海裡，堆積成了一個島。他們順著天梯來到島上，把一根粗大的柱子頂天而立，並在柱子後面建起一座宏偉的宮殿，稱「八尋殿」。二神沿相反方向繞著柱子轉圈，相遇時，伊耶那岐讚道：「真是一個美嬌娘!」伊耶那美也讚道：「真是一個美男子!」隨後，二神交合，並先後生下8子，也就是四國、九州、本州等8個島嶼，總稱「大八洲國」。伊耶那美生完8子，坐起身時，又生6島。接著，她又創造了島國的山川草木。
既然創造了日本列島，為什麼不再生一個天下之主呢?於是，伊耶兄妹又生出了「日神」，即「天照大神」，她一出生就光芒四射。二神喜之不盡，將她送到天上，讓她治理「高天原」。後來，天照大神派孫子瓊瓊杵尊下凡，帶著八尺勾玉、神鏡和草薙之劍3件神器統治下界。他死後，其後代彥火火出見尊自九州開始東征，最終統一日本列島。彥火火出見尊於公元前660年登基，成為大和民族的最高統治者，被尊奉為神武天皇，也是「開國之神」。那3件神器從此成為歷代天皇標榜正統的「三大神器」。
神武天皇的故事主要記載於公元8世紀日本皇室授意編寫的《古事記》和《日本書紀》兩部史書中。由於歷史久遠，其真實性已不可考。學界基本認為，神武天皇並不存在。這個神話模仿了中國皇權天授的故事，強調皇權神授，為天皇血脈的正統性和「萬世一系」提供了理論依據。
推古女皇，首次自稱天皇
真實的日本天皇究竟起源何時尚無定論。根據中國史書記載，在南北朝時期，日本先後有5位大王來華要求冊封，分別是贊、珍、濟、興、武。贊曾於421年和425年兩次遣使南朝，宋武帝還特發詔書嘉許。這與《日本書紀》中的記載基本一致。那時，日本還沒有稱天皇，只是稱大王。
7世紀初，「天皇」的稱號正式出現了。提出這一稱號的是日本第一位女皇、第33代天皇推古天皇。推古天皇592年登基，628年去世。一般認為，這是有日本信史可查的最早的天皇。她在位期間，中國結束了長期分裂的局面，建立起統一的隋朝;朝鮮半島上的新羅強大起來，佔據漢江、洛東江流域。周邊形勢的變化引起了推古天皇和她的侄子、攝政王聖德太子的注意。他們也試圖建立中央集權體制，開始了一系列改革——提倡佛教;從中國的佛教和儒家經典中找到「王權神授」「王道思想」的理論依據，並與傳統信仰相結合，樹立天皇是國家最高統治者的觀念;壓制大貴族勢力，給中小貴族授與冠位，培養人才;重視中日邦交，向中國派遣留學生。
在對外交往中，推古天皇和聖德太子的「中央集權、唯我獨尊」意識也有所體現。他們不願再臣服於中國。公元608年，推古王朝在給隋朝的國書中，首稱「東天皇敬白西皇帝」，即推古女王稱自己為「天皇」，稱隋煬帝為「皇帝」。這是日本在對外交往中第一次正式使用「天皇」稱號，意在挑戰華夷秩序，與隋朝平起平坐。
中大兄皇子，用計「清君側」
公元629年，舒明天皇即位。642年，其皇后即位，稱皇極天皇。在舒明、皇極兩朝，貴族蘇我氏大興土木，勞役人民，暴虐驕橫，甚至藐視和排擠皇極天皇。朝廷上逐步形成反對蘇我氏專權，主張學習中國唐朝制度的改革集團。這個集團的核心人物就是舒明、皇極二人的兒子中大兄皇子。他求教於留學隋唐歸來的學生和僧侶，立志革新政治，增強王室權威。645年，他精心策劃了一場「清君側」的宮廷政變——
那年6月12日，權臣蘇我入鹿上早朝，在殿門前遇見了一位歌舞伎。歌舞伎巧言嬉謔，使蘇我入鹿「笑而解劍」。蘇我入鹿走進宮門後，大極殿的12道大門立刻悄然關閉上鎖。大殿上的早朝如期進行，中大兄皇子、中臣鐮足、佐伯連子麻呂等人手執武器藏在大殿旁，氣氛極為緊張。突然，中大兄皇子率先衝入大殿，刺傷蘇我入鹿。蘇我入鹿跑近皇極天皇的御座，叩頭作揖說：「臣不知罪，乞垂審察。」皇極天皇也很驚恐，問兒子發生了什麼事情。中大兄皇子回答母親說：「蘇我入鹿盡滅天宗，將傾日位。」聽罷，女王默默退殿，不加制止，蘇我入鹿隨即被殺。
蘇我入鹿的父親蘇我蝦夷得知兒子被殺後，企圖反撲。中大兄皇子立即展開政治攻勢，宣傳「天地開闢，君臣始有」，揭露蘇我入鹿專橫跋扈、違君之道的罪行。蘇我蝦夷的部下紛紛「解劍投弓，捨此而去」。眾叛親離的蘇我蝦夷燒宅自焚而死，權傾一時的蘇我氏退出了歷史舞台，權力重歸天皇。
孝德天皇，效仿中國使用年號
清除了蘇我氏後，皇極天皇打算讓位給兒子中大兄皇子。但中大兄皇子為避閒言，不受皇位，由舅舅輕皇子即位，這就是孝德天皇。
孝德天皇是位博學之士。《日本書紀》說他尊崇佛教，「為人柔仁好儒，不擇貴賤」。他博覽中國典籍，對遠自黃帝和堯舜，近至漢唐諸帝的治國之術頗有瞭解，一直想改革日本陳腐的政治。
孝德天皇上台伊始，立中大兄皇子為皇太子，輔佐政事。他還仿照唐代官制，任命阿倍內麻呂為左大臣，蘇我石川麻呂為右大臣，中臣鐮足為內大臣，又任命從唐朝留學回國的僧旻、高向玄理為國博士，組成了改革的智囊班底。
645年6月19日，孝德天皇宣佈年號為大化，取自中國的《尚書》「施教化，大治天下」之意，這是日本第一次效仿中國使用年號。646年1月1日，孝德天皇發佈《改新之詔》，開始了一系列政治、經濟改革：廢除世襲氏姓貴族制度，確立中央集權的官僚政治體制;廢除貴族私有的土地制度和部民制，將土地、部民全部收歸國有，成為公地、公民;傚法隋唐的均田制，國家每6年一次，把田地平均分給農民;統一租稅。
大化改新讓日本正式建立起中央集權的封建國家體制。天皇成為最高權威，自詡為神的代言者，把全國的土地和人民控制在自己手中。
但大化改新沒有給孝德天皇帶來平靜。他原本與自己的外甥、皇太子中大兄皇子關係密切，政見一致，攜手改革。但在改革過程中，兩人出現了不同看法，日漸失和。
651年，孝德天皇改年號為白雉，第二年又將政治中心從奈良縣的飛鳥移至難波(今大阪)。這一切似乎都是為了擺脫中大兄皇子。當時，新政不斷受到貴族和舊勢力的抵制。中大兄皇子既是為了控制殘餘的守舊勢力，也是為了個人的權柄，要求孝德天皇遷都回飛鳥。孝德天皇不肯接受。653年，中大兄皇子毅然率領皇室貴族和朝廷大臣返回飛鳥，大半臣子也隨他而去。孝德天皇獨自留在難波，成了「孤家寡人」，第二年就在抑鬱之中去世。
孝德天皇死後，皇極太上天皇於655年重新即位，稱齊明天皇。中大兄皇子668年正式即位，是為天智天皇。在即位前，他頒布了日本歷史上第一部正規法典《近江令》，將大化改新的成果以法律形式固定下來。
白河天皇，建立「院政」獨攬大權
大化改新沒能讓天皇家族地位永固。中大兄皇子登基後，賜給大化改新的功臣中臣鐮足一個姓氏：籐原。此後，籐原氏長期受天皇賞賜，擁有大量土地和財富，於9世紀下半期建立起攝關政治，開始獨攬朝政。
「攝關」是攝政和關白的合稱。天皇年幼時，由太政大臣代理行政事務，稱為攝政;天皇長大親政後，另設關白一職，輔助天皇總攬政事。按規定，攝政應由皇室成員擔任，但自從籐原良房在866年自稱攝政後，這個職務就落入權臣手中。11世紀中葉，籐原氏的莊園已佔全國土地總面積的十幾分之一。既有攝關兩職在手，又有龐大經濟基礎，籐原氏便能隨意廢立天皇了。
11世紀中葉以後，籐原氏的專權日漸受到皇室和官僚的反對。1086年，白河天皇為抵制籐原氏，讓位給年僅8歲的堀河天皇，成為太上天皇。他在自己的住處建立「院廳」，任命官吏，挑選武士保衛太上天皇和院廳，國政事務都歸院廳處理，「院政」由此誕生。
太上天皇真正掌權的時間不長，僅有100年左右，即後三條、白河、鳥羽、後白河4位太上天皇統治時期。
後鳥羽太上天皇，向幕府投降
在各方反對籐原氏的時候，新興武士階層登上歷史舞台。為了從外戚手中奪回皇權，朝廷不得不借助於武士集團的力量。源氏武士團是成長最快、最強的武士團之一。1192年，源賴朝在鐮倉建立幕府(幕府本指將領的軍帳，在日本特指權力一度凌駕於天皇之上的機構，其最高權力者為幕府將軍)，與朝廷相並立，形成了雙重政權結構。表面上天皇依然是「治天之君」，但其主要控制範圍縮小到日本西部，僅掌管身份、官職、文化、藝術等特定領域的權力，實權在幕府手中。
憑源賴朝的智謀和實力，完全可以進駐京都(794年桓武天皇遷都京都)，挾持天皇，左右朝政。但他並沒有這樣做，而是一再聲明對天皇的尊重。
源賴朝去世後，幕府實權落入他的妻子北條氏家中，他們與皇室的矛盾日趨尖銳。1221年，矛盾終於激化，京都的皇室和貴族發動了聲討幕府的「承久之亂」。當年5月15日，皇室向全國發令討伐幕府。得到消息的幕府立即進行反擊總動員，「軍中只聞將軍之令，不聞天子之詔」，迅速集結19萬大軍，由北條時房、北條泰時率領，兵分三路進軍京都。發兵的同時，北條義時還寫信給後鳥羽太上天皇說：「今派19萬大軍，請見情迎戰。若仍感不足，我將親率20萬大軍赴京都。」此時，皇室的兵力只有1.7萬騎。6月5日至6日，兩軍在杭瀨川相遇，皇室軍不戰而潰，幕府軍進入京都。後鳥羽太上天皇大驚失色，投降時推卸責任說：「此次事件並非是自己策劃，而是謀臣的計劃。」
平亂之後，幕府對皇室進行了嚴厲的懲處，廢掉了年幼的仲恭天皇，停止了太上天皇的院政，將兩位太上天皇后鳥羽和順德流放，擁立後堀河天皇登基。
13世紀下半葉，為爭奪皇位，皇室分裂成兩個系統。以後嵯峨天皇的長子後深草天皇為首的，稱持明院系統;以次子龜山天皇為首的，稱大覺寺系統。兩派爭相討好幕府，以求獲得支持。
德川家康，讓天皇跌到最低谷
1467年，日本進入戰國時代。在幕府之下，出現了眾多擁有土地和武士的大莊園領主，稱為大名。大名的出現和戰國的到來，成了搖搖欲墜的天皇家族的救命稻草。因為，大名要在亂世中擴充勢力，鞏固地位，除了兵權和土地，還渴望獲得朝廷授予的官位和榮譽稱號，以顯得自己名正言順。為此，大名們從經濟上紛紛資助皇室，而經濟拮据的天皇就靠著賣官鬻爵維持生計。
16世紀後半葉，兩個聲名赫赫的大名——織田信長和豐臣秀吉為了利用天皇壓服其他大名，對天皇和皇室都表現得非常尊重。可憐的天皇對織田信長、豐臣秀吉的「尊皇」行動受寵若驚。正親町天皇竟然稱頌織田信長是「大宏量」「大廣智」「大無慾」「大慈悲」。1585年，豐臣秀吉被天皇任命為關白，次年兼任太政大臣，可以利用朝廷權威發號施令。
繼豐臣秀吉之後，大名德川家康戰勝群雄，結束了戰國時代，於1603年2月開創江戶幕府時代。此後的200多年裡，天皇的皇位繼承，除了因病、因亡者外，幾乎都受到江戶幕府的干涉。如果有天皇對江戶幕府的干涉稍稍表露出不滿，就會受到迫害，甚至被殺。比如後光明天皇、桃園天皇、後桃園天皇等人，都是死得不明不白。
在德川家族的江戶幕府統治下，天皇的自尊和權威喪失殆盡，天皇的地位跌落到了歷史的最低谷。能夠延續其血統，不被徹底推翻，已是天皇家族的萬幸。而終結這200多年低落命運的機遇，最後降臨在明治天皇身上。