生殖系統青春期前發育緩慢，青春期才開始迅速發育。女孩青春期約12~18歲，男孩約13~20歲，一般劃分為3個階段：
青春期前期：女孩9~11歲，男孩11~13歲，生長明顯加速，第二性徵出現，此期歷經2~3年；
青春期中期：女孩11~16歲，男孩13~18歲，體格生長開始減速，第二性徵全部出現，性器官已成熟，初潮、首次遺精來臨，此期歷經3~4年；
青春期後期：女孩17~21歲， 男孩19~24歲，生長發育停止，第二性徵發育完成，歷經3~4年。
一、女性生殖系統的發育
女孩自出生時卵巢發育已較完善，但只在性成熟以後，才開始正規排卵（約13~15歲），並伴有週期性子宮內膜脫落出血，即月經。子宮體隨年齡而增大，10歲以後增長加快，15歲左右達到成人大校女孩第二性徵出現較早，9~10歲骨盆開始加寬，乳頭發育；12歲後臀部變豐滿，外生殖器增大，陰道上皮角化、分泌物變酸。隨之乳房迅速增大發育，出現腋毛、陰毛，15~16歲時出現痤瘡。
二、男性生殖系統的發育
男孩自出生時睪丸大多數已降至陰囊，約有10%尚未下降，一般1歲內都下降至陰囊但到成人仍有0.2%未降，稱隱睪。自出生到10歲前這一段時間性器官發育較慢，到青春期開始進一步發育，分泌的雄激素促進第二性徵的出現。10~11歲陰莖開始增大，小兒一般包皮包住龜頭，包皮口狹窄，到8~10歲包皮可以上翻。12~15歲（性成熟期）開始出成熟的精子，平均在15歲出現第一次射精。13~16歲時出現陰毛、腋毛，聲音變粗、開始長鬍鬚和喉結，出現痤瘡。
三、性激素對發育的影響
性激素除對性器官及第二性徵起作用外，也加速骨骺的發育及骨骺的癒合，影響長骨的發育，女性約在16~17歲，男性17~21歲時骨骼停止生長。雄激素對肌肉的發育也起重要作用。