足球戰爭的後續：薩爾瓦多因此爆發了內戰
基本上雙方都「輸」掉戰爭：兩方皆未贏得決定性的勝利，反而兩邊的死亡人數都趨近2000人。
這場戰爭導致中美洲共同市場停擺12年，這是個由美國大力推動的區域整合計劃，以作為對抗古巴革命影響的工具。
兩國軍方的政治影響力大幅增加。戰爭之後的薩爾瓦多國會選舉，國家調解黨(Partido de Conciliacion Nacional，簡稱PCN)自軍方陣營裡成立。由於他們為軍事衝突扮演的角色道歉，而成功囊括了全國與地方選舉。
戰後，薩爾瓦多的社會情形惡化，政府無法滿足從洪都拉斯回國的人民經濟上的需要，土地壓力也再次凸顯，導致社會動盪，這也是之後薩爾瓦多爆發內戰的重要原因。