足球戰爭的背景：足球比賽的結果成為導火索
兩國的外交關係急速惡化導致戰爭爆發，而雙方的軍事政府都期望以一個方便的理由吸引他們國民關心政治。雙方的國營媒體都鼓勵仇視對方，最後導致成千上萬的薩爾瓦多勞工被驅離洪都拉斯，其中包含辛勤工作的工人與長期定居的移民。
這種突如其來的緊張關係最後導致雙方的軍事衝突，並將兩國國民的注意力轉移出去，從而使雙方軍隊重整武裝，摧毀了以中美洲共同市場(Mercado Comun Centroamericano，簡稱MCE)為代表的中美洲經濟整合，而此整體又建立在較富裕的薩爾瓦多及土地較多的洪都拉斯得利的原則之上。
這起衝突爆發的背景，是薩爾瓦多與洪都拉斯之間的陳年爭議，而不僅僅是過度狂熱分子或民族主義情感。衝突根源是薩爾瓦多過度開發土地對社會造成的地理與人口分裂：富裕的地主掌控了薩爾瓦多的主要農地，因而造成長期以來貧困農民移居薩爾瓦多與鄰近洪都拉斯之間的廣大土地。
1969年，洪都拉斯決定分配土地給洪都拉斯農民，同時沒收薩爾瓦多農民的土地，而這些農民已以此土地維生達數代之久。此舉引發薩爾瓦多農民的返國潮，從而造成促發政治與社會動亂的緊張關係。薩爾瓦多的社會保守主義分子擔心返國後會強化土地改革的聲浪，而軍事領導者則擔憂農民的改革主張無法得到滿足，從而發動游擊行動。1969年6月，在世界盃資格賽中，薩爾瓦多和洪都拉斯爭奪最後一席出線權。洪都拉斯隊主場先勝一局，薩爾瓦多球迷抱怨在洪都拉斯受到粗暴對待。第二局在薩爾瓦多舉行，薩爾瓦多隊贏。這次，薩爾瓦多球迷也對洪都拉斯人還以顏色。決勝局在墨西哥舉行，薩爾瓦多隊以3比2險勝。洪都拉斯隨後發生大面積毆打、驅逐薩爾瓦多移民和搶掠財產的暴力事件。6月27日，兩國宣佈斷交，雙方關係急速惡化。