木質砧板的安全性與被切割的食物種類、清洗次數及方法有關；木質砧板並不適合用來剁切每一種食物，雖然它們的外表很漂亮，卻可能吸收食物上的汁液，而讓這些食物的渣子很容易就藏入其中，這麼一來，木質砧板便會變成細菌滋生的園地。

要讓砧板不吸收食物的汁液，首先要在木質表面抹油，但不要使用蔬菜油，因為可食用的油如玉米油、大豆油、橄欖油及油菜籽油等都會腐臭而影響食物衛生；應該使用不可食的油品，如礦物油，有一種產品叫做「砧板油」，是專為木質砧板特製的塗抹油。

每次使用砧板之後，特別是剁切過肉品，砧板必須徹底清洗乾淨，最起碼要用很熱的水加上清潔劑來洗；為了確保砧板表面無菌，可使用溫和的中性殺菌劑，如加水稀釋漂白劑，然後再沖洗乾淨。